但是在當年昭武天皇迴歸島國之前，與一名中原女子”連穎“一見鍾情並互結連理。女子不久便身懷有孕，苦於中原島國壁壘分明，神武一夫不能將連穎母子帶回東瀛，無奈之下，只能派遣心腹”松本崗“等人留在中原加以照顧，並懇求無名在母子危險時能出手相助。無名感於神武一夫信義慨然相允。十月過去，連穎誕下一個男孩，爲掩飾其真正身份遂隨母姓，取名”連城志“，隱喻中原東瀛有朝一日能和睦相處，兩地城邑連爲一城的志向。爲方便日後相認，神武一夫留下一塊帶有“皇”字的玉玨作爲憑證之物。
昭武天皇神武一夫回到島國後，在皇室的要求下無奈與一名皇族之女成親，但是多年以來未有子嗣，多年以後，隨著神武一夫年事已高，皇族中人恐怕天皇后繼無人。各路藩王怕日後人心散患，便紛紛投靠島國正日漸崛起的第一大幫隱劍流，可以說東瀛皇室已經有大部分落入大當家之手。
神武一夫眼見朝中憂患，未免人心歸附隱劍流，便決定公開自己仍有一子留在中原武林之事，並非後繼無人。與此同時，隱劍流獲悉此事，派出大批高手前往中原武林抓捕此子，以便日後要挾控制島國皇族各人。
但是，天意弄人，就在連城志七歲時，因爲一場惡疾一命嗚呼。松本崗擔心天皇遷怒，於是和連穎商量去附近領養了一名七歲的少年來頂替連成志。在集市，松本崗看中了一名賣身葬父卻不肯屈膝人前的少年，將其買回並聘請大夫替少年將天皇一族的“皇者之骨”刻劃在連城志身上，從此掉包之計天衣無縫，甚至連天皇本人都不能區分。
待得連成志成年，島國中原雙方人民互相搶奪。最後終於得步驚雲之力，連成志順利返回島國，但是沒有人會想得更多。連成志看似善良忠厚。實則狼子野心，返回島國之後。竟然首先弒殺了神武一夫，得到了天皇的寶座，其後便是謀劃重返中原，而其首要就是在江湖武林有立足之地。
當年無天煉獄一役之後，”赤絕神宮“、”驚雲道“、”神風盟“三大勢力鼎足三分中原武林，表明上神風盟廣納正派人士與驚雲道的強權高壓背道而馳，赤絕神宮則是海納百川兼容幷蓄，但是實際上卻是當年笑三笑留下畫卷。引導步驚雲和聶風自創各自勢力並假裝對抗，暗地裡合謀對付連城志及大當家的陰謀。
另一方面，隱劍流的隼人天隱表明上歸順於大當家，實際上卻是因爲大當家握有自己兒子當人質，而且自己羽翼未豐尚不敢犯上。因此，隼人天隱再度苦練萬道森羅，以求將武功提升到新的境界，然而很快即遇到瓶頸，於是不恥下問向大當家請教要領。大當家則稱萬道森羅精要全在於心，須取命屬不同五行的五人之內臟配以煉丹方可大成。天隱爲求達到目標。毫不猶豫便於隱劍流中尋有用之人取其心肺練功。
幾個月之內，已殺門衆百餘名。但因果報應不爽，這百餘衆裡其中一人。便有他昔日被大當家劫走十數年未曾見一面的孩子。當隼人天隱發現的時候已晚，這一刻，新仇舊恨交加在一起，天隱終於下定一個一生唯一要達到的目標，那就是手刃不共戴天的仇人大當家。但他武功越強，越更加明白自己和大當家的實力有天淵之別。於是天隱隱忍不發，一方面苦練萬道森羅，一方面等待機會。卻不料大當家早已心知肚明，更將計就計重創了隼人天隱。走投無路的隼人天隱復返中原，邀步驚雲與聶風共同對付大當家。
話說在無天煉獄之戰前。由於絕心的陰謀，聶風之子易風在不知情的情況下給自己的生母第二夢被掉包的解藥。導致了第二夢故去。易風悲憤交加欲找絕心報仇，但是種種際遇之後知曉了連城志的陰謀，爲奪得”千秋大劫“中關鍵的神兵”千秋劍“。易風假裝失憶，連城志狐疑之下，指使手下引出步驚雲，並同時安排易風去殺死留在”驚雲道“養傷的步驚雲之子步天。易風遂在當晚無人之際秘密會見步天，告訴他來此的緣由，並要求他幫助他完成兩個任務以博得連成志信任，第一個是奪得千秋劍，第二個是要步天的命。步天最終爲幫助易風完成任務，不加以反抗被易風一刀斬殺，易風也因此博得連城志信任。
而獲悉兒子之死的步驚雲怒不可遏，於是追查兇手，最終得悉是連成志所爲，於是趁夜綁走連成志，嚴刑拷打併使其不能生育，然後待赤絕神宮精銳盡出尋找連成志之際，復返赤絕神宮並將其重創。而後又得悉連成志之妻赤雪已懷有身孕，更是將其擄走，並在驚雲道的校場當著連成志之面，親手將連成志的孩子殺死於赤雪腹中，最後卻爲了不讓連成志夫妻同死而饒他們一命並暗中派懷滅和霍男監視。
懷滅唯恐放虎歸山，因此決議和霍男擊殺連成志，豈料卻中了連成志軍事重八的計謀，奮力衝出圍困卻最終被大當家安排的殺手鐗二豹雙雙擊斃，至此步驚雲與連成志的恩怨已經越積越深。在懷滅及霍男的首級面前，連成志邀步驚雲於白龍溪一決雌雄，步驚雲亦決定親手解決這個麻煩。
風在當日得悉兒子殺死步天之後，覺得事有蹊蹺，於是沿路追蹤，卻不幸落入重八陷阱被生擒。押運途中被隼人天隱救出，並從六當家口中得知白龍溪正是中原龍脈所在。
而京城方面，爲防島國斷龍脈，皇帝也不得不率領大內高手涉足白龍溪一役，可是這正中大當家下懷。原來大當家需要千秋劍染龍血而後斷龍脈才能徹底根絕中原氣數，而萬道森羅指揮下的*大陣正是爲了對付中原武林的支柱步驚雲，一場武林混戰即將展開。
最終風雲二人自然是主動出山，再次聯手消滅了武林之中最大的隱患，換來了武林之中上百年的安寧，電影終極篇也就此結束，至於這段情節分明是玄天漫畫網站上的《風雲》漫畫來沒有來得及畫的，也就是說在這個世界電影的情節是早於漫畫的！