只是這些大大小小的府縣城池基本都已經(jīng)被叛軍攻破，城中居民早已被叛軍驅(qū)趕屠殺一空，既無戰(zhàn)果又無補(bǔ)給，大軍行動(dòng)十分艱難。
吳襄無奈之下只好暫緩進(jìn)軍，等待後方的補(bǔ)給。
此時(shí)吳襄的前鋒已經(jīng)到達(dá)濰縣城下，便要求濰縣爲(wèi)他們提供軍糧補(bǔ)給。
濰縣經(jīng)歷了叛軍長達(dá)一年多的圍城，雖然有互助會(huì)的支援，城中的存糧也已經(jīng)見底，城中居民只剩兩千多人，城外的村莊更是被叛軍全部焚燬，哪裡能夠拿得出來補(bǔ)給給他們？見這些官軍來勢(shì)洶洶，馮對(duì)立面縣令便命人閉門不納，只說城中物資已盡。
濰縣在叛軍面前堅(jiān)守一年多，與高密縣並列未被叛軍攻陷的兩個(gè)縣城。此時(shí)叛軍退去，已經(jīng)將戰(zhàn)果上報(bào)，吳襄也不敢在此時(shí)攻擊縣城，也只好棄城而走，最後被自衛(wèi)隊(duì)二營攔截在了濰縣以東的濰河邊上。
二營在逼走了張燾部叛軍之後，便接到章澤天的命令，後退至濰河一線駐防，目的就是阻止官軍通過濰河。
因爲(wèi)買馬和女真首級(jí)之事，吳襄也算是跟自衛(wèi)隊(duì)打過交道，對(duì)自衛(wèi)隊(duì)不無忌憚，見自衛(wèi)隊(duì)隔河而守，他們一時(shí)也不敢強(qiáng)行渡河，兩軍便在這裡僵持起來。
話說章澤天最終還是將駐守青島的衛(wèi)戍營抽調(diào)了一半人馬北上，替換了被充作戰(zhàn)兵使用的輜重營。
此時(shí)的濰縣戰(zhàn)役已經(jīng)雷聲大雨點(diǎn)小地結(jié)束了，萊州的防守也就不再那麼重要。衛(wèi)戍營北上的三個(gè)連便東進(jìn)黃縣與一營匯合，推進(jìn)到了登州城下。炮營則分出一個(gè)連的三十門野戰(zhàn)炮支援二營建立濰河防線，主力則隨一營一起到達(dá)了登州城下。
登州是叛軍的大本營，由耿仲明帶人把守。此時(shí)耿仲明雖然不清楚孔有德與張燾的情況，但是可以肯定黃縣已經(jīng)被自衛(wèi)隊(duì)奪取，到現(xiàn)在孔有德也沒有反攻黃縣，自衛(wèi)隊(duì)反倒逼到了登州城下，孔有德與張燾等人估計(jì)已經(jīng)兇多吉少了。
叛軍死守登州，一直把登州作爲(wèi)最後的手段，就是因爲(wèi)這裡有登州水營，有大量的戰(zhàn)船可以讓他們?cè)陉懙厣鲜≈岢龊Ｌ幼摺?
不過令耿仲明絕望的是，在自衛(wèi)隊(duì)從陸地逼近到登州城下的次日，自衛(wèi)隊(duì)的四艘遠(yuǎn)洋戰(zhàn)艦和近十艘武裝福船就封鎖了登州港口。
這些戰(zhàn)艦並不是老老實(shí)實(shí)地守住港口不讓他們出海，而是在第一時(shí)間逼近水城，並且炮擊了水城。大量的開花.彈將城上的火炮在很短時(shí)間內(nèi)就全部摧毀，徹底斷絕了他們逃走的希望。
然後，更令他們絕望的事情發(fā)生了，自衛(wèi)隊(duì)從陸地上運(yùn)來了一百多門火炮，佈置在了登州城外，瞄準(zhǔn)了登州城。自衛(wèi)隊(duì)的火炮射程比叛軍引以爲(wèi)傲的大將軍炮遠(yuǎn)得多，一旦開戰(zhàn)他們沒有絲毫還手之力。
稍作思量之後，耿仲明便知道事不可爲(wèi)，直接派人出城聯(lián)絡(luò)了自衛(wèi)隊(duì)的指揮官林二，在得到安全保證之後投降了。
投降叛軍總共7000人被自衛(wèi)隊(duì)直接裝船運(yùn)到濟(jì)州島上的戰(zhàn)俘營進(jìn)行甄別改造，每人被判處了一年到三年不等的勞動(dòng)改造。
除了叛軍之外，登州城裡還有被叛軍抓來做工的上萬名平民，以及幾千名女子。這些人有些是原本登州城內(nèi)的居民，更多的則是來自周邊鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
叛軍肆虐的這一年多時(shí)間裡，佔(zhàn)領(lǐng)區(qū)裡面的平民基本都已經(jīng)被清空。章澤天估計(jì)，由於叛軍作亂直接或間接死亡的可能有近百萬人甚至更多，原本人煙比較稠密的山東半島北部已經(jīng)基本成爲(wèi)一片千里無雞鳴的不毛之地。
當(dāng)然這些人並不是都死掉了，更多的人還是逃亡到了其他地區(qū)。光是互助會(huì)的控制區(qū)內(nèi)，就先後接收到了150萬以上的難民。
互助會(huì)動(dòng)用了自己的全部運(yùn)力，將其中的20萬人運(yùn)到了海外，主要還是集中在濟(jì)州島上。依章澤天的意思，這些移民的大部分最終將被運(yùn)到北方的幾處基地和臺(tái)南地區(qū)，只是目前受限於運(yùn)力不足，只能讓他們暫時(shí)在濟(jì)州島上安身了。
現(xiàn)在從登州城裡接收到的這些平民之後，問了他們的意見。這些人多數(shù)都已經(jīng)一無所有，即使回鄉(xiāng)也沒有辦法活下去，多數(shù)都願(yuàn)意聽從互助會(huì)的安排。
那些女子更是沒有地方可去，而且多數(shù)人都希望能夠離開這片讓她們傷心的土地，最後也被互助會(huì)送到了海外。
孫元化被叛軍抓住之後，一直被軟禁在巡撫衙門的一個(gè)院子裡面，倒是沒有受到什麼虐待，忠於他的十幾個(gè)親兵家丁之中，除了在叛亂當(dāng)天被殺了幾個(gè)之外，包括孫文起在內(nèi)的九個(gè)人也都被軟禁在一起。叛軍投降了之後，他們被耿仲明移交給了自衛(wèi)隊(duì)。
當(dāng)這些人被送到即墨的時(shí)候，章澤天親自到鐵路車站迎接了他們。
孫元化穿著一身青布襴衫，打扮得就像一個(gè)鄉(xiāng)村老儒，見到章澤天之後惟有拱手無言。
章澤天問起他今後的打算時(shí)，孫元化也不知如何是好。此番兵變，他作爲(wèi)叛軍的主官，責(zé)任無可推卸，如果回到京城的話，肯定會(huì)被朝廷問罪，後果難以預(yù)料。
按照文朝的慣例，遇到亂兵、叛軍、外敵入侵等事件時(shí)，地方官不允許逃跑，也不允許出現(xiàn)被俘之類的事件，能夠做的只有當(dāng)場(chǎng)戰(zhàn)死或者自殺，否則便會(huì)因爲(wèi)“失土”的罪名受到處罰，最輕也會(huì)是罷職爲(wèi)民。
在這次事件之中，叛亂的都是孫元化自己手下的兵，他這個(gè)主管領(lǐng)導(dǎo)在任何朝代也無法置身事外。他是天主教徒，按照教規(guī)不能自殺，便加重了他的罪責(zé)，回到京城之後若能夠只得一個(gè)斬首的處置，都算是好運(yùn)了。
對(duì)於孫元化在這件事裡面的責(zé)任問題，章澤天不想管。他只是可惜孫元化在數(shù)學(xué)和自然科學(xué)中的本領(lǐng)。這人本來可以成爲(wèi)一個(gè)優(yōu)秀的科學(xué)家的，結(jié)果陰差陽錯(cuò)地做了一個(gè)官員，一個(gè)將軍，還要爲(wèi)此承擔(dān)責(zé)任，這不是浪費(fèi)人才嗎？
正是因此，章澤天對(duì)孫元化鄭重地提出了邀請(qǐng)：“孫先生，不如你就留在我們這裡吧。在這裡，你可以放心地進(jìn)行你喜歡的數(shù)學(xué)或其他學(xué)問的研究，也不用擔(dān)心朝廷的追究，而且你的家人在松江老家也不會(huì)受到影響，如何？”
孫元化猶豫了很久，無奈道：“我相信你能做到這一點(diǎn)，但我畢竟是大文的官員，卻不能背叛朝廷。在孔有德兵變之事上，我的做法雖然不會(huì)被朝廷認(rèn)可，但我自己?jiǎn)栃臒o愧。如果你爲(wèi)我而反，卻有違我忠於大文的本心了。”
章澤天道：“我們互助會(huì)也是忠於朝廷的啊，我們同樣會(huì)爲(wèi)保衛(wèi)大文不惜此身，卻不會(huì)任由朝堂上那些貪腐官僚爲(wèi)我們打造的愚忠的鐐銬所束縛。你明白我的意思嗎？我們也許會(huì)在某些時(shí)候反抗官府的一些做法，但絕對(duì)不會(huì)舉起造反的旗幟，我們始終會(huì)是大文朝的子民。”
聽到章澤天不會(huì)選擇的承諾，孫元化思慮再三，最終還是決定留在青島，沒有回京城去送死，有活著的機(jī)會(huì)，總比就這樣沒有什麼意義地死掉強(qiáng)。