就連陳寅恪這樣的學術大家也對這個問題懷有興趣，並給傅斯年提供相關史料。可見，成祖生母問題並不是一個無關緊要的問題。對於實行嫡長子皇位繼承製的明朝來說，這關係到嫡庶問題，並進而關係到帝位的合法性問題。對於後世的人們而言，明白這個問題，也就多少會對明初的政治情勢有所瞭解。
總起來看，關於成祖生母問題的說法主要有三種：
馬皇后說。明成祖朱棣自稱是孝慈高皇后（即馬皇后）所生。馬皇后，鳳陽宿縣（今安徽宿縣）人，濠州紅巾軍郭子興養女。至正十二年（1352）郭子興將其許配給部將朱元璋。當年朱元璋受到了郭子興的猜忌，馬氏多次從中調解周旋。明朝建立後，朱元璋冊封她爲皇后，對她十分信賴，多次聽從她的意見寬免大臣過錯，因此有人將她與歷史上的賢后唐代長孫皇后相提並論。
《太祖實錄》和《太宗實錄》都說朱棣爲馬皇后所生，後來的史籍如《明史》等正史多因循這種說法。
但是除朱棣外，馬皇后親生皇子都有誰，又有著不同的解釋。一種說法認爲馬皇后生懿文太子、秦王、晉王、燕王、周王。朱棣在奪取皇位後，馬上讓人編了一部叫《奉天靖難記》的書，爲自己篡奪皇位辯解。該書開卷就標榜自己是馬皇后的嫡子："今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：長懿文太子，次秦王，次晉王，次今上皇帝，次周王也。"還有一種說法認爲馬皇后只親生燕王，周王，懿文太子、秦王、晉王都不是馬皇后親生。其實仔細推敲起來就會發現，《太祖實錄》爲成祖朱棣所修（成祖爲了抹殺自己即位前的真實事實，曾兩次改修《太祖實錄》，刪減篡改之處甚多），《太宗實錄》爲宣宗所修北京覺生寺永樂大鐘，其中自然也有粉飾的成分，當然宣稱朱棣爲馬皇后的嫡子。
另外還有人認爲馬皇后根本就沒有皇子，這幾個都不是她親生的，只不過是抱過來撫養成人而已。
妃說。成祖爲馬皇后所生的說法到了明中後期就受到了質疑，而妃說浮出水面。有人認爲妃是高麗人，也有人稱她是元順帝的妃子，抑或是高麗人而成了元順帝妃子，不得而知。
這種說法的直接證據是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀禮樂的機構，皇家宗廟的祭祀就由其負責。《太常寺志》對孝陵（即太祖朱元璋的陵寢）神位的記載如下：
左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晉恭王。右一位妃，生成祖文皇帝。
太常寺是皇家機構，這樣嚴肅的問題不應該胡亂記載，可惜這本書沒有流傳下來。明代文人對這種資料將信將疑，但還是覺得有合理的地方，萬曆時期的文人何喬遠就持這種觀點，"臣於南京見《太常寺志》，雲帝（明成祖）爲妃所生，而玉牒則爲高後第四子。玉牒出當日史臣所纂，既無可疑。南（京）太常職掌相沿，又未知其據。臣謹備載之，以俟後人博考"。
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明末清初的錢謙益和李清見到這樣的記載也無法判斷孰是孰非。錢謙益當時是南明弘光朝的禮部尚書，李清曾任大理寺左丞，二人利用職務之便，於弘光元年元旦利用祭祀孝陵的時機，悄然打開孝陵寢殿，"入視果然，乃信"。
還有一個證據。朱棣在即位之後，在南京天禧寺的舊址上翻蓋新寺，取名大報恩寺，是爲了報答馬皇后的養育之恩。然而令人不解的是，寺中正殿的大門經常緊閉，外人無法看見裡面元順帝像的情況，有傳聞裡面供奉的其實是成祖生母妃。
還有的學者考證當年建文帝之所以先削周王，是因爲周王與朱棣是同母所生，故削周王而去燕王羽翼。周王與朱棣的母親不是馬皇后，而有可能就是妃。
元主妃洪吉喇氏說。社會上更加流行的卻是另外一種說法，即成祖生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元順帝的第三福晉，是太師洪吉喇特托克托的女兒。元順帝敗，朱元璋入大都（今北京）見洪吉喇氏貌美，就留在身邊。然而她入明宮時就已經懷孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元順帝的遺腹子。其實這只是民間的傳說而已。徐達攻陷大都是至正二十八年（1368），而朱棣生於至正二十年（1360），兩者相差達8年之久。這種情況可能由於朱元璋刑罰過嚴、朱棣殺戮過重，從而導致民情激憤，因而編造謠言以發泄胸中的不滿情緒，以至於以訛傳訛。
還有其他一些說法，比如說成祖是達妃所生，或元主妃不是洪吉喇氏而是翁氏，等等，但都影響不大。實際上，爭論的焦點是成祖到底是嫡出還是庶出？以上看法都可以歸納到這個問題上來。朱棣非馬皇后親生而生母爲妃的說法，經過明史專家李晉華、吳晗等人的精細考證，已爲大多數學者所接受。在這裡，可以提供一條可以佐證成祖庶出說的史料。成祖即位以後，禁止一切有關其奪位的史料，但他左右不了國外的史籍，而這條史料恰恰出自鄰國朝鮮，其真實性是可以信賴的。洪武二十二年，朝鮮使臣權近一行曾在北平拜謁燕王，權氏著有《奉使錄》記其事，其中有詩題雲：
到燕臺驛，進見燕府。先詣典儀所。所官入啓，以是日先太后忌日，不受禮。命奉嗣葉鴻伴接到館。七月十五日也。
此處"先太后"當是從漢制之稱諸侯王母，顯然指燕王自己的生母。詩題中明言太后忌日在七月十五日，而高皇后馬氏的忌日在八月初十，顯然不合。洪武二十二年，還不存在嫡庶之差別問題，故燕王即使對外國人也不遮掩其真實生母身份。所以，成祖非馬氏所出無可懷疑。那麼，朱棣爲何一再強調自己是嫡出呢？這是因爲明朝的皇位繼承製爲嫡長子繼承製，只有嫡子繼承皇位纔是深孚人心的，否則會危及皇權的穩定。特別是是朱棣通過靖難之役，將建文帝趕下臺後取而代之，更恐難以服衆。他擔心後人說他篡權，所以才千方百計強調自己嫡出的身份。這種此地無銀三百兩的伎倆，是不足爲怪的。
宣宗朱瞻基，仁宗長子，明朝第五個皇帝，年號"宣德"。1426年，仁宗朱高熾病逝，朱瞻宣宗像基以29歲的年齡即皇帝位，時值壯年，精力充沛，又有一定的治國經驗，且可以不用像他的父親那樣在太子的位置上苦苦等待20年之久，可謂恰得其時。當年成祖曾經預言他是個"太平天子"，此語果然沒錯。雖然宣宗在位僅有10年時間，但他是個守成之君，承繼明朝開國60年來的基業，以自己德政和治道而載入史冊，將明朝推向了"仁宣之治"的黃金時期。
洪武三十一年（1398）二月初九日，朱瞻基出生在北平。在他出生的前夕，他的祖父燕王朱棣做了一個夢，夢中太祖朱元璋授予他大圭，上面寫著"傳之子孫，永世其昌"字樣。圭，是古代封建帝王貴族在舉行典禮時用的一種玉器。成祖認爲這個夢有特別的寓意，是個吉兆。在朱瞻基滿月的時候，朱棣看到他滿面英氣，與自己夢中見到的樣子十分相像，非常高興，對他也是特別的寵愛。
朱棣奪得天下後在南京登基，朱瞻基隨祖母離開北京也來到了南京。祖父朱棣和祖母徐氏非常鍾愛這個皇孫，對其頗爲用心。朱瞻基自幼聰慧，喜好讀書。永樂五年（1407）四月，他到了出閣讀書的年紀，成祖特命靖難之役的第一功臣姚廣孝爲之講習經書。
姚廣孝像姚廣孝是個很特別的人，至今還流傳著關於他的許多傳說。他14歲出家爲僧，法名道衍，向道士席應真學習陰陽術數之學，熟讀詩書，詩文俱佳。後來雲遊嵩山時，著名相士袁珙(ɡǒnɡ)看到他十分詫異，說他三角眼、形如病虎、嗜殺成性，將來一定是劉秉忠一樣的人物。（劉秉忠，元朝僧人，隨忽必烈徵雲南，籌建開平城，主持設計元大都，建議以大元爲國號。）姚廣孝聽說自己會成爲劉秉忠一樣的人物，正符合自己的志向，非常高興，立志要做一番事業。
因爲馬皇后病逝，朱元璋擇高僧入藩王府爲馬皇后誦經祈福。姚廣孝就因此而得以進入燕王府，爲朱棣所知。他密勸朱棣舉兵，並在“靖難之役”中屢出奇策，爲朱棣奪得江山立下了不世的功勳。是以朱棣對他是十分敬重的，在恢復他的姓，賜名廣孝，不直呼其名而尊稱爲少師。