不知道過了多久，李林終於發泄完了，而第四使徒也從此消失，變成了一顆賢者之石，同樣的它的靈魂也被李林吸收了，雖然現在還沒有什麼作用，但是李林相信只要將所有的十八個使徒的靈魂全部收集到，那麼一定會有某種意想不到的作用。
“李……”
凌波麗將第四使徒給凌遲之後的李林從半空中落下，看樣子好像有些疲憊，他落在零號機的手掌上一言不發，有些失神。看到李林失神的樣子，凌波麗有些擔心的。
“李？”
“李！”
不知道爲什麼，李林對凌波麗的呼喊完全沒有迴應，這讓凌波麗慌了神。
“李，怎麼了，你，沒事吧？”
凌波麗關切的詢問李林的情況，很擔心他。然而李林依舊一點反應也沒有，在這個時候，NERV的保全人員也漸漸反應過來，他們因爲沒有親眼目睹李林狂虐第四使徒的模樣，所以對李林沒有那種近乎宗教般的狂熱，因此他們依舊能夠在利益的催動下將李林包圍、關押。在這個過程中葛城美里等人也漸漸甦醒，但是除了凌波麗以爲竟然沒有人試圖阻止他們的行動，其中CC是因爲覺得無聊，葛城美里雖然打算出面單也被赤木侓子給阻止了。
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因爲李林在面對第四使徒的時候所展現出來的能力，Seele組織的成員們都把李林與“第十八使徒李林”聯繫到了一起，在他們眼中李林就是一個人形的使徒，所以現在的李林被NERV關押在中央教條區的地下第36層，基本沒有人可以見到他。
在李林被關押的期間，凌波麗曾經找到過葛城美里還有CC，希望和她們一起討論如何將李林解救出來。但是CC卻認爲在NERV里根本沒有人能限制住李林，而李林現在之所以會被關押應該有自己的理由，所以她選擇對此視而不見。至於葛城美里，在糾結了幾天之後她選擇了屈服於Seele，所以對凌波麗的拜訪視而不見。
而碇司令在回到NERV之後對李林所發生的是也很好奇，但是他似乎已經和李林達成了某種協議，所以他對李林的事情完全沒有過問，甚至連最基本的審訊都沒有過。
而這些無不揭露了NERV這個組織內部的某些黑暗的一面，但是這些都不是李林所關心的，因爲現在的李林正在爲了保證自己還是自己而與自己奮鬥呢。
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“李……”
在關押李林的大牢之中，凌波麗由於她那特殊的情況而可以來看望李林，但是自從上次第四使徒的那件事情過後，李林就陷入了某種奇異的狀態。現在的李林只是單純的維持著作爲一個人類的外形，他甚至連基本的能量攝入都沒有，完全陷入了一種類似於沉睡的狀態。
這一天，凌波麗再次來到關押李林的牢房外，看著李林雙眼無神的樣子，不知道爲什麼凌波麗感到胸口一痛。
“李，我，絕對會保護你的。”
摸著自己被防護服包裹住的胸口，凌波麗對自己突然出現的這種感覺感到驚異，因爲這是從來沒有過的感覺，即使是以前和碇源堂在一起的時候也沒有過。
最後，在看了李林許久之後凌波麗又默默的離開了，然而在她離開之後從某個角落裡出現了葛城美里的身影。
葛城美里遠遠的看著凌波麗離去的背影，突然笑了。
“我，這到底是在幹什麼啊？”
葛城美里笑的異常的悽慘，她背靠在牆上，緩緩的蹲在地上，將頭埋在自己的雙腿之間。
“沒想到，我也會有要羨慕別的小女孩的一天，呵呵，呵呵呵呵……”
葛城美里的聲音聽起來有些低沉，也不知道是在自嘲還是在哭訴。
葛城美里的低潮期很短，她很快就恢復過來了。恢復過來的葛城美里微不可查的有手指抹了一下眼角然後就來到關押李林牢前。
“喲，好久不見。”
看著在地牢裡被關押了數週的李林，笑了，雖然笑的很勉強，笑的很醜，但是在李林的面前葛城美里還是選擇笑著面對他，這可能是由於女孩子內心的某種小堅持吧，在某些對自己很重要的男生面前就是在勉強也要笑著面對他，因爲所有女生都覺得自己只有笑著的時候纔是最美麗的。
“雖然你可能根本聽不到我所說的，但是我還是想讓你聽一聽。”
看著李林許久未刮而略顯邋遢的面孔，葛城美里同樣感到些許心痛。
“這樣子對待你，真的很抱歉，但是，這也是沒辦法的啊，我們，我們人類……”
“呵呵，什麼時候開始我也把你當成是非人類了啊，但是就算是這樣我也希望你可以聽聽我接下來說的事情。”
葛城美里再次抹了一下眼角，繼續說到。
“其實啊，在你被我們NERV關押的這幾天又有使徒襲擊了，就是第五使徒司雷之天使，呵呵，它就真的像雷天使一樣，掌握著可以審判人類的天之雷霆。昨天初號機和零號機已經出戰過一次了呢，但是啊，初號機竟然被它一擊就秒殺了呢，在它的那種強大的雷火之下我們完全沒有反抗的能力呢。但是啊，即使是這樣我們也要戰鬥啊，雖然這個戰鬥更像是垂死掙扎罷了。“
“所以，如果，我是說如果你能夠，或者說你願意甦醒的話，請你幫幫我們，不，是求你救救我們，拜託了，李。“
說完後，葛城美里同樣也離開了，只是在她離開之時，甚至是在他離開之後，李林都沒有半點反應……
不久之後，初號機和零號機一起出戰，數分鐘後，“屋島作戰計劃“宣佈失敗，從沒有靠自己的力量戰勝過使徒的碇真嗣在駕駛初號機的時候出現了巨大的失誤，連續兩次發射陽電子炮都射偏了，零號機沉默、初號機喪失戰鬥意志，第五使徒無人能擋，並再次向中央教條區突破……