只是此戰過後，一直都很期待再次與馬家軍交手，給當初西路軍和夜老虎團報仇的李子元，卻是直到青馬被徹底的打垮，青馬的老巢西寧解放，也一直都沒有獲得再次與馬家軍交手的機會。
在咸陽戰役完成之後，李子元所在的兵團除了一個軍，配屬給一野指揮西進蘭州之外，兵團主力兩個軍來了一個九十度轉彎，被調往秦嶺地區準備扶眉戰役，以及爲進軍大西南做好準備。
此後，李子元指揮所部先後參加了陝中戰役、扶眉戰役，以及隨後的秦嶺戰役。並在兵團的指揮之下，沿著北路一路追擊從西北撤向四川的中央軍，參加解放四川以及大西南的戰役。並在四川與自己的老部隊，也就是第二野戰軍勝利會師。
此時第二野戰軍雖然還保留建制，但在大西南獲得解放後，已經陸續改編爲西南軍區。野戰軍除了進軍西藏，以及還在滇南實施追擊，以打好祖國境內最後一戰的部分兵力之外。野戰軍主力已經開始組建地方軍區，並轉爲全面的剿匪以及穩固新政權作戰。
李子元的老政委擔任西南軍區政委，老師長擔任西南軍政委員會主席。李子元當年在一二九師和太行軍區的老首長，以及老上級基本上眼下都在四川。此時的四川境內，可謂是原太行軍區將星璀璨、羣英薈萃。
不過此時西南軍區司令部在重慶，基本上由太行軍區出身部隊組成的第三兵團兩個軍，也都駐紮在川東與重慶地區。而李子元所部則主要駐紮在川北，軍兼軍區司令部所在地南充距離重慶只有一百多公里。反倒是距離成都，足足有二百多公里。
李子元每次去重慶開會，都能與老戰友聚聚。不過正忙著剿匪、反特，改編起義部隊的李子元，也沒有太多時間去重慶。尤其是當時西南匪患冠中國，四川匪患冠西南。四川和貴州兩個省，是整個大西南匪患最嚴重的地區。
在整個解放戰爭階段，聚集了十幾萬中央軍，以及幾萬川軍的四川省，實際經過的大仗、硬仗、苦仗並不是很多。已經到了山窮水盡的那邊，即便是最死硬的中央軍嫡系部隊，也沒有心思在抵抗下去了。
不僅原本就飽受排擠和歧視，並被嚴重不信任和監視的川軍大批起義。就是中央軍除了幾個軍之外，其餘的大部分兵團起義或是投誠。可以說整個四川在解放階段，雙方的真正較量並不是很多。
但是大批敵軍的起義和投誠，雖說加速瞭解放戰爭收尾階段的速度，以及沒有讓中華民族流更多的血。可未被成建制消滅的敵人，其中骨幹和潛伏的敵特，尤其是完整的軍官體系，也都相對完整的保留了下來。建制，也沒有完全被打亂。
而且在某一種程度上也不能不說，那邊的中央軍控制部隊還是有一手的。這些在窮途末路邊緣，最終選擇了放下武器的官兵，很多人心中並不是很服氣。這些敵特以及不甘心失敗的傢伙，就利用這種心態鼓動官兵叛逃，殺害解放軍派出的政工幹部上山爲匪的。
這也造成了很多起義官兵，在潛伏下來的敵特鼓動之下，成建制的叛逃爲匪。不僅是中央軍，就連川軍都出現在這種情況。其實川軍中因爲袍哥這一獨特的組織存在，甚至有些部隊叛逃的比中央軍還嚴重。
在主力部隊還未轉入地方，新區地方武裝還沒有來得及組建。地方政權剛剛組建，還未來得及穩固的情況之下。這些譁變爲匪的官兵，在原來就存在的當地土匪配合之下，活動日益猖獗。
而且這些正是土匪，大部分都受過正規的軍事訓練，有一定的組織性和紀律性。戰鬥力，遠遠超過了一半的土匪。在加上熟悉本地地形和民情的慣匪配合，對新生政權的危害性相當的大。
同時已經是病急亂投醫的臺灣方面，不僅委任狀滿天飛。一個幾十人的匪首，哪怕你之前只是一個小小的少尉，但只要你有人有槍，就會被任命爲上校團長。一個幾百人的土匪集團，就編爲一個整編師。師長哪怕一天軍裝都沒有穿過，也授予少將軍銜。
七八百人的土匪就是一個軍，到了上千人的地步那就是一個兵團，或是這個、那個司令部。要是那種兩三千的，那就成了反什麼救國軍第幾路司令部了。一時之間整個四川境內的土匪是，少將、中將是滿天飛。
最小的一個，也是一箇中校支隊長。至於上將，足足有一個排。當然這些將校在不在那邊的花名冊上，所帶著的隊伍在那邊的國防部有沒有建制，那就只有天和那邊發委任狀的知道了。
臺灣方面不僅給給這幫傢伙大勢下發委任狀，還空投了大批的特務和武器、現大洋。就在李子元的轄區之內，五天之內僅被部隊截獲的空投電臺，就達到了十餘部，抓到的空投特務也有幾個。
那邊原來從來不捨得把美械裝備，給川軍這樣的雜牌軍，更別提收編的亂七八糟一類的隊伍。可到了現在飢不擇食程度的時候，管他什麼隊伍，只要和解放軍作戰就給武器，甚至是美械武器。
李子元所部曾經在接到情報的情況之下，一天之內就替那些土匪，接收了臺灣空投的一百支美製湯姆森*，*二百條，以及三門六零炮、一挺重機槍，外加上三萬發各種口徑的子彈。
臺灣的空前大方，再加上這些譁變的人員，都受過正規的軍事訓練。在熟悉地形和民情的本地慣匪配合之下，危害遠比一般的土匪大。這些因爲或大或小都接受了臺灣封官的土匪，被稱之爲政治土匪。
在這些政治土匪的進攻之下，相當部分地區剛剛組建的地方政權被摧毀。大批的地方幹部以及農會骨幹，甚至是積極分子被殺害。一些縣區政權，甚至被土匪給滿門殺絕。一些女幹部，被糟蹋後蹂躪致死。
解放軍的一些小股部隊屢屢被吃掉，一些幹部失蹤甚至被公開殺害。五零年初，李子元友鄰部隊的一位師政治部主任，在去成都開會的途中遇到土匪伏擊。這位師政治部主任，連同一個警衛班全部被殺害。匆忙組織救援的一個營，也遭遇到土匪襲擊損失慘重。
而看似安穩一些的公路沿線，運輸物資的卡車也屢屢被襲擊，押運人員犧牲、大批物資被洗劫。電話線被割斷，派出查線的戰士失蹤。派出徵糧的小股部隊和工作人員，經常性的一去不回。
甚至在匪患最猖獗的地方，土匪甚至公開進攻縣城。整個軍區所轄的縣城，大部分都被圍攻過。至於向部隊打黑槍、扔*，殺害哨兵以及襲擊巡邏隊的事情，都已經是見怪不怪了。搞的地方幹部都不願意離開部隊，將下鄉工作視爲鬼門關。
別說各個縣城，就是重慶和成都這樣的大城市，都發生過集會時候有人打黑槍、扔*的事情。鑑於形勢嚴峻，西南軍區下達了剿匪的命令。而在這之間，保守土匪困擾的李子元，已經先展開了行動。
李子元所部的防區正位於四川省北部，下轄四個專區一共三十六個縣以及一個市。地處四川、陝西、甘肅以及青海和西康五省連接之地。是聯繫四川與甘肅和陝西漢中的重要通道，也是成都和重慶北面的屏障。
這裡出現問題，就等於四川與陝西之間的聯繫出現了問題。所以還沒有等軍區下達命令，在進駐川北之後，軍長被調往川西接替那邊身體一直不好的司令員，擔任代司令員的李子元就已經搶先動手。
一邊要忙著組建新政權，一邊又忙著清剿土匪，忙的分身乏術。不過組建新政權的事情，主要由政委和政治部負責。而李子元將主要的精力，都放在了對土匪清剿，保護新生的地方政權上了。
其實對於剿匪這種作戰，李子元倒是並不怎麼感覺到麻煩。他採取的辦法很別樣，就是將當年日軍掃蕩八路軍的戰術調過來，根據眼下的實際情況加以修改之後，用來去對付他轄區內的土匪。
李子元採取了構築封鎖圈，每個村都要進駐部隊。一些實在無力控制，或者說暫時無法深入的深山區小村莊，則採取了歸屯並戶的辦法。將深山區的村民全部強行遷出，統一集中到一個大村莊。
並對土匪活動猖獗地區，實施嚴格的物資封鎖政策。糧食和食鹽一律集中保管，全部採取配給制。對民間的武器，實施大規模的收繳。同時採取了劃片分區，集中兵力鐵壁合圍之後全線拉網清剿的戰術，對土匪活動區域每一個山頭、每一個山頭的過網。
日常則在各個要點都至少駐守一個連的部隊，以公路沿線和村莊要點爲依託，採取交叉配合、多方面協調的戰術。即便不在要點和公路沿線，但每一個村莊都要儘可能的進駐部隊，以公路和村莊爲線構成嚴密的封鎖圈。
在實施戰術階段，李子元反覆強調各部隊，一定要注意嚮導的培養和招募以及甄別，絕對不能被敵特混入嚮導之中。李子元很清楚的認識到，在部隊還不熟悉這裡的地形情況之下。一旦嚮導出了問題，那纔是最致命的。
甚至李子元提出，如果有可能的話，要儘可能的在當年紅軍流散人員中尋找嚮導。因爲整個川北，都是當年川陝蘇區一部分，或是紅軍長征路過的地區，流散人員並不在少數。而且哪怕就算是嚮導有抽大煙的習慣，但只要他可靠部隊可以提供大煙給他。
一律不許在匪患猖獗的地區，就地招募嚮導。這是李子元整個剿匪作戰之中，李子元規定的鐵律。實在無法避免的，對招募到的嚮導家屬實施保護性拘留。以家屬爲人質，保證嚮導不出幺蛾子。