傳說阿爾宙斯從虛無之地誕生，成爲(wèi)世界上的第一個(gè)生物。阿爾宙斯創(chuàng)造了世界，而後又創(chuàng)造出了帕路奇亞跟帝牙盧卡，分別掌管空間跟時(shí)間。阿爾宙斯身上的邪惡分裂成了冥王龍騎拉帝納。掌控著異次元的反物質(zhì)能量。
接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創(chuàng)造了亞克諾姆，由克希，和艾姆利多，分別代表共存於現(xiàn)代的人類和精靈寶可夢(mèng)之中的意志、知識(shí)與感情。它們生存於今天被稱爲(wèi)立志湖，睿智湖，心齊湖的湖泊的異空間裡，被稱爲(wèi)湖中的傳說的寶可夢(mèng)。在此期間，夢(mèng)幻在精靈寶可夢(mèng)世界誕生，幷包含了當(dāng)時(shí)及未來存在的全部寶可夢(mèng)的遺傳基因。
時(shí)間過去了很久。固拉多從地底的巖漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現(xiàn)，烈空坐則形成於臭氧層的物質(zhì)中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會(huì)來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴(kuò)張著大陸與海洋。兩隻超古代寶可夢(mèng)終於碰面，帶來了爲(wèi)爭(zhēng)奪在寶可夢(mèng)世界之初的優(yōu)勢(shì)而進(jìn)行的激烈戰(zhàn)鬥。烈空坐最終平息了這場(chǎng)戰(zhàn)鬥，並使得固拉多與蓋歐卡回到各自長(zhǎng)眠的洞窟中。爲(wèi)了防止兩隻超古代寶可夢(mèng)再度醒來，硃紅色寶珠與靛藍(lán)色寶珠被製造，並保管於送神山。
當(dāng)時(shí)，夢(mèng)幻在世界各地出現(xiàn)，有相當(dāng)多的分佈數(shù)量。除此之外，精靈寶可夢(mèng)世界中出現(xiàn)了天冠山一類的地塊，隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動(dòng)，形成了各個(gè)地區(qū)，在天冠山周圍形成的是神奧地區(qū)。在這場(chǎng)造山運(yùn)動(dòng)中，神奧地區(qū)的東北部出現(xiàn)了嚴(yán)酷山，在其中的巖漿中誕生出席多藍(lán)恩。阿爾宙斯創(chuàng)造了金剛寶珠、白玉寶珠和白金寶珠，之後進(jìn)入了長(zhǎng)眠之中。
許多年之後進(jìn)入了史前時(shí)代（約五千年前），並出現(xiàn)了多種存在於那個(gè)時(shí)期的精靈寶可夢(mèng)。考古學(xué)家已證實(shí)這些精靈寶可夢(mèng)分佈於各個(gè)陸地，在今天形成了化石幷包含著精靈寶可夢(mèng)的遺傳基因。這一時(shí)期可能夢(mèng)幻的數(shù)量開始減少，世界上更多地存在其它種類的精靈寶可夢(mèng)。除了精靈寶可夢(mèng)之外，精靈寶可夢(mèng)世界上還出現(xiàn)了人類。
在石器時(shí)代、冰河時(shí)代和鐵器時(shí)代，分別出現(xiàn)了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地區(qū)，並作爲(wèi)打開在切鋒神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。
在三千年前，人類從夢(mèng)幻的基因中克隆出超夢(mèng)，超夢(mèng)逃脫了人類的控制並破壞了當(dāng)時(shí)的實(shí)驗(yàn)室。不久之後，被超夢(mèng)破壞的島嶼坐擁的火山噴發(fā)破壞了島上的許多區(qū)域。喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們?cè)俣冉粦?zhàn)，又再度被烈空坐平息。
在那場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)之後，世界各地發(fā)生了異變。由於環(huán)境的異常變化，神奧地區(qū)開始變得寒冷。當(dāng)時(shí)的邪惡組織使用紅色鎖鏈?zhǔn)购\(zhòng)神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。邪惡組織想要一統(tǒng)世界。那時(shí)在天冠山頂出現(xiàn)了一個(gè)時(shí)空裂縫，也是毀壞的世界的入口。騎拉帝納和邪惡組織老大進(jìn)入了毀壞的世界，邪惡組織就此毀滅，可世界還在異變。
兩千九百年前，邪惡組織的舊部勢(shì)力分散成了幾個(gè)對(duì)立的組織。
其中一個(gè)邪惡組織控制了捷克雷姆跟雷西拉姆，並試圖控制酋雷姆。在強(qiáng)大的酋雷姆的攻擊下，這個(gè)組織破滅了。
另外一個(gè)組織則喚醒了哲爾尼亞斯和伊裴爾塔爾。
原本平靜的世界在喚醒了諸多的神獸之後，開始了大亂鬥。
超夢(mèng)還在狂暴階段，想要把世界毀滅。
當(dāng)時(shí)來阻擋超夢(mèng)的所有神獸與幻獸，都被超夢(mèng)無情地摧毀。
有些數(shù)量不少的神獸與幻獸，最後還剩下了幾隻，而數(shù)量稀少的神獸與幻獸，最後都絕種了。
其中最具有代表性的，便是蓋諾賽克特。
當(dāng)時(shí)的蓋諾賽克特，則是人類智慧的結(jié)晶。
人類想要利用蓋諾賽克特這種人造寶可夢(mèng)來發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)，當(dāng)做戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器，可在超夢(mèng)的面前，一切都顯得有些徒勞。
在諸多神獸的大肆破壞下，人類的文明漸漸消失，人類的數(shù)量也大幅度地削減。
這時(shí)，阿爾宙斯從沉睡中甦醒，封印了超夢(mèng)後，又安撫了其他暴怒的寶可夢(mèng)，讓它們回到各自的空間。
由於人類與寶可夢(mèng)之間存在著矛盾，阿爾宙斯?fàn)?wèi)了讓這份矛盾化解，把所有的寶可夢(mèng)都封印到了一個(gè)大型秘境當(dāng)中。
可在封印的時(shí)候，卻恰巧被一些人類混入其中。
阿爾宙斯使用自己的神力，消滅了人類的文明，並抹除了人類記憶中關(guān)於寶可夢(mèng)所有的事情。
阿爾宙斯讓世界毀滅後又重生，也就是現(xiàn)在的世界。人類開始了沒有寶可夢(mèng)的生活，延續(xù)到了近兩百年前，大型秘境的封印破除，裡面的寶可夢(mèng)跟著各個(gè)不同的碎片秘境迴歸到地球。
每一次秘境的迴歸，都會(huì)讓世界發(fā)生一些改變。世界各地的一些遺蹟也慢慢地出現(xiàn)。
……
寶可夢(mèng)天研協(xié)會(huì)。
“這份世界史，有點(diǎn)太震驚了！”錢博士看完這篇報(bào)道後，虎軀一震，前所未有的震撼。
寶可夢(mèng)研究界。
“天吶！”柳儒柏?fù)u了搖頭，“這份報(bào)道，實(shí)在是……”
寶可夢(mèng)科學(xué)實(shí)驗(yàn)室。
江博士、蔣博士、陳博士、戚博士坐在一起，全身都有些乏力的感覺。
“人類在寶可夢(mèng)的面前，居然這麼無力？”
寶可夢(mèng)考古研究院。
“我以後不想再考古了，歷史的真相，太可怕了……”幾個(gè)考古研究員，都靠在椅子上，開始懷疑人生。
關(guān)都地區(qū)寶可夢(mèng)研究院。
“柯教授，這篇從化石跟地底石壁以及秘境中發(fā)現(xiàn)的歷史正文，我們已經(jīng)分別發(fā)送給關(guān)都地區(qū)的各大研究院了，還需要發(fā)給其他地區(qū)嗎？”溫爸問向柯教授。
“這件事情，等寶可夢(mèng)協(xié)會(huì)知道後再做定奪吧。”柯教授擺了擺手。
這些解讀出來的內(nèi)容，都是由當(dāng)時(shí)混入到秘境中的人刻畫下來的。
歷史正文，總要有人續(xù)寫，纔會(huì)流傳下來。
只可惜，秘境中的人類，最後都沒有存活下去，除了寶可夢(mèng)外，並無其他人類存在於秘境之中。
……