在趙興立志改進鍊鋼技術的同時，與衆人商議之後，他還大刀闊斧地對臥虎城現有的軍事力量進行了深入徹底的改造和編組。整高爐鍊鋼，趙興也就是懂個皮毛，提出發展方向和思路。可是改革軍事體制和兵種，建立軍事培訓機構這類事情，對於受太祖建軍思想深刻影響的趙興而言，那簡直就是如魚得水，遊刃有餘地事情。
王牌特種兵的指揮軍官，他最重要的價值體現在軍事戰略素養方面，而不是簡單的只作爲一個殺手和刺客，這一點大家需要謹記!
前世的趙興對於從古到今的兵法戰策，陣法，軍隊組成，軍事指揮學、軍事信息學、軍事心理學、軍事後勤學等等領域都有很深的涉獵，來到了東漢末年的趙興，在這幾年的悉心觀察和深刻思考之後，做出了一系列影響深遠的軍事改革。
第一，高度重視軍事指揮人才的系統培養鍛鍊。這從他早早地開始培養革命接班人“小虎隊”的行爲就能看出端倪。在趙興的大力促成下，臥虎講武堂在臥虎城背後的太行山半山腰的一處平坦之處創建了。講武堂成立之初，教員只有一位，那就是趙興！別說賈詡、郭嘉和田豐都是智謀超絕之輩，跟太祖系統的軍事戰略思想比較起來，趙興也有資格給他們講課！第一期講武堂的學生也很少，只有數十人，就是趙興手下目前的所有文臣武將，趙興要在儘量短的時間內把自己頭腦中的存貨全部傳授給這些手下，將來再由他們兼任教官，培養後續的軍事指揮人才。說白一點，趙興就是一顆火花，一塊酵母。
第二，高度重視政治和軍事信息的獲取和控制。自古以來，打仗第一要務是什麼？是情報！知己知彼，方能百戰不殆。不知道對方底細，就不知死活地衝上去，實力旗鼓相當時還能剩條命，弄個兩敗俱傷的下場。可如果對方知道己方，設好了陷阱讓己方往裡面鑽，那你就等著被人家或者是火燒、或者是水淹，或者是石頭砸，或者是斷糧道，或者是爆菊花吧，總之你會死得很慘就是了……趙興從組建軍隊之初就暗暗發誓，絕對不讓自己的軍隊在作戰信息方面當睜眼瞎，被人牽著鼻子當猴兒耍。在成立講武堂的同時，趙興暗中成立了兩支秘密部隊，一支取名爲“臥虎安全局”，這支部隊由趙興直接領導，只吸納了賈詡和李進思二人進來，其餘人均不知此事。
第三，成立地理測繪機構和沙盤製作機構。趙興來到東漢末年這三年以來，最讓他不適應的就是沒有準確的地圖使用，這對於講究戰機和時機的兩軍作戰而言可是致命的軟肋。這個時期的地圖，簡陋謬誤得讓人咂舌。有時候圖上標示的地方，要跟實際位置差上幾百里路來。趙興也沒想搞出衛星地圖那麼牛叉的東西，他就是派出大量的哨探，仔細記錄各地的地形地貌，物產和城池狀況，記錄步行或者騎馬行走所需的大概時間，反覆幾次探索之後，總要精細一些。至於沙盤模型的製作，這是趙興在給小虎隊們上課的時候想到的，也就是做出山川河流的大概模型，但就算這樣，也讓孩子們興奮不已，有了沙盤，大家不再是紙上談兵，而是有模有樣地開始了圖上和沙盤推演。
第四，完善各軍兵種配置。趙興根據當時的戰爭實際需要，把原來簡單的步兵和騎兵兩大兵種改爲：序列第一，適合平原作戰的高速機動作戰部隊——騎兵（包括重甲突擊力量和輕甲遠程射殺力量和遊擊偵查兵）；序列第二，適合進攻作戰，裝備低廉的慢速突擊部隊——輕甲步兵（包括刀斧兵、長弓兵、連弩兵、擲矛兵）；序列第三，適合防守作戰的低速防守部隊——重甲步兵（包括陌刀兵、大小盾兵、長戟兵和長矛兵）；序列第四，適合攻城陷陣和山地作戰的突擊部隊；序列第五，負責戰場鼓動、醫療救治、後勤保障的輔兵；序列第六，負責江河湖海作戰的水軍（目前空缺）。
第五，借鑑現代軍隊體制編制，重新改組軍隊體制。目前趙興將自己的部隊暫時按照軍、師、團、營、連五級來劃分，各兵種最高長官爲師長，下屬的專職部隊最高長官爲團長或營長，營長下面百人以上設立連長，配三名副連長。各個師除師長以外，設參謀長一人，副師長一人，隨軍參謀若干人。
具體來說，就是趙興這個沒有一兵一馬的平北將軍，現在自領了臥虎軍軍長一職，副軍長由關羽擔任，軍師由賈詡擔任；趙雲爲騎兵師師長，副師長暫缺（下一步很有可能是某位超級牛人擔任），軍師空缺（你們猜會是誰呢？）；騎兵師下屬的重甲騎兵團長一職由胡車兒擔任，輕騎兵團長一職由郭長子擔任。張遼爲輕步兵師師長，旗下裴元紹、方悅爲某團團長；徐晃爲重步兵師師長，旗下李進武、周倉爲某團團長；其餘位置因爲各種原因暫時空置。典韋負責警衛營，李進思則主要跟著賈詡負責“安全局”的工作。
第六，成立專門的兵員招募和訓練機構，與野戰部隊分離。趙興計劃成立專門的新兵招募處，由地方衙門主要負責，部隊派人駐點驗收。組建專門的新兵訓練團，把訓練和作戰分開，既可以保證訓練的系統性和連貫性，又可避免有野心的將領把趙興的部隊給拐跑了。
趙興的心目中有幾個特別適合練兵的將領，分別是高順、麴義、于禁和陳到四人。高順的“陷陣營”，麴義的“先登死士”，陳到的“白耳精兵”那可是出了名的強悍啊。目前趙興已經把麴義搞到手，那就先讓他幹著吧！趙興還組建了一支“暗影”部隊，這是兩支秘密部隊的另外一支。“臥虎安全局”主要進行情報的收集分析和歸納，“暗影部隊”的主要任務是進行刺殺、破壞、綁架、營救等敵後活動，當然也兼有收集信息情報的作用，這也是趙興前世那種特種兵部隊的雛形。趙興想得是，要是把王越或者他的徒弟請過來當教官，那就爽死了。
第七，將“小虎隊”正式升級成爲“臥虎少年班”。開始按照年齡分段，系統教授“革命下一代”各種科學文化知識，挑選優秀的少年作爲未來指揮將領的預備隊。
第八，成立專門的後勤保障機構。這個機構的作用，在後文中將會專門體現。
第九，成立專門的軍事裝備研發機構。這個機構的作用，在後文中也將專門體現。
本來，依照趙興的意思還能整出第十、第十一來的，可是飯要一口一口吃，路要一步一步走，光是上面列出的九條就夠大家忙活好幾年了，所以趙興心中的一些在郭嘉和賈詡看來過於天馬行空的念頭，最終沒有說出來，被藏在了心底深處，只等時機成熟之後再付諸實踐。