碇唯“復(fù)活”並沒有在NERV造成多大的影響，事實(shí)上除去冬月副司令和律子這樣的核心成員外，NERV幾乎沒人知道碇唯。
日子一天天過去，NERV的重建十分順利。與此同時(shí)，政府也開始對(duì)NERV進(jìn)行了大刀闊斧式的改革。
出於對(duì)EVA強(qiáng)大力量的恐懼，聯(lián)合國在一番討論之後出臺(tái)了《EVANGELION禁止法案》，決定禁止一切關(guān)於EVA的使用和研發(fā)，現(xiàn)存的四臺(tái)EVA、莉莉絲和郎基努斯之槍將全部沉入太平洋洋底，永久的封印起來。NERV也不再作爲(wèi)絕密的特務(wù)機(jī)關(guān)存在，而是改革重組成爲(wèi)一個(gè)全新的科研機(jī)構(gòu)，依舊附屬於聯(lián)合國，繼續(xù)研究生命進(jìn)化學(xué)。
碇源堂雖然依舊掌握著NERV，但是這時(shí)候已經(jīng)不能再他叫“司令”了，而應(yīng)稱他爲(wèi)“NERV研究院院長”。冬月則拒絕了“副院長”的頭銜，他說既然一切都已經(jīng)結(jié)束了，他想回到校園做回自己的老本行，也就是老師，當(dāng)然，這不代表他離開了NERV，他在NERV還掛著個(gè)“顧問”的頭銜。
冬月拒絕了任聘後，這個(gè)副院長的職位就自然而然的落在了美里的頭上，美里算是又升了一級(jí)，可喜可賀。律子依舊是NERV的首席科學(xué)家。加持則離開了NERV，開始真正爲(wèi)內(nèi)務(wù)府工作，據(jù)說他也升官了。青葉茂、日向誠、伊吹瑪雅自然還留在了NERV。
至於真嗣、明日香和麗，沒有了EVA，現(xiàn)在他們只是普通的十四歲小孩子了，他們的生活重新歸於平靜，平靜的甚至有些無聊，但是真嗣和麗卻覺得這種無聊的日子十分幸福，只有明日香偶爾會(huì)發(fā)一聲牢騷“好無聊啊——”
在NERV重建的差不多後，政府開啓了重建第三新東京市的項(xiàng)目，或許，現(xiàn)在應(yīng)該叫第四新東京市了。重建的第四新東京市就坐落在地底世界的戰(zhàn)場上，NERV“金字塔”的旁邊，政府似乎是打算把第四新東京市打造成一個(gè)國際科研都市，在政府和聯(lián)合國的大力支持下，第四新東京市日新月異，一棟棟高樓在“金字塔”旁拔地而起。
……………………
一晃半年時(shí)間過去了，這一天，天剛剛亮李曉就早早的起牀了。他先是衝了個(gè)澡，然後站在鏡子前，將頭髮梳成大人模樣，再穿上一套帥氣西裝，看著鏡子裡英姿勃發(fā)的自己，李曉滿意的點(diǎn)了點(diǎn)頭。
爲(wèi)什麼今天李曉刻意打扮了一番，而且還穿的這麼正式呢？那是因爲(wèi)今天是一個(gè)特殊的日子，今天，美里和加持要結(jié)婚了！
一個(gè)月前，美里突然宣佈她和加持要結(jié)婚了。經(jīng)過一個(gè)月的精心準(zhǔn)備，這一天終於來了。
兩人結(jié)婚的地點(diǎn)就選在NERV本部，一是因爲(wèi)第四新東京市還沒有建造好，二是因爲(wèi)這裡承載了美里和加持太多的回憶，而且經(jīng)過一番重新裝修後，NERV的內(nèi)部結(jié)構(gòu)已經(jīng)完全變了，現(xiàn)在的NERV是一所純粹的科研機(jī)構(gòu)，這裡不再對(duì)外保密，甚至允許研究人員將自己的家屬接進(jìn)來一起住，已經(jīng)儼然是一座埋在地下的小型都市了，而適合作爲(wèi)結(jié)婚場地的大型禮堂自然也是有的。
李曉來到禮堂的時(shí)候已經(jīng)是人山人海，他在人羣中隨意的轉(zhuǎn)了一圈，忽然意外的發(fā)現(xiàn)在角落裡的一張餐桌上，明日香和渚薰正坐在那裡。渚薰同樣是一身得體的黑西裝，明日香則穿著一件熱情似火的紅色短裙禮服，這兩人的組合雖然十分稀奇，但是不得不說俊男美女坐在一起還是相當(dāng)養(yǎng)眼的。
另外順便一提，渚薰還活著這件事碇司令已經(jīng)知道了，現(xiàn)在使徒已經(jīng)滅絕，EVA也封印了，所以碇司令也沒說什麼，算是默認(rèn)了渚薰的存在。自從碇唯回來後，碇司令整個(gè)人就好像變了一樣，雖然依然總是板著個(gè)臉，但比之前可要有人情味多了。
李曉走過去，對(duì)明日香和渚薰打招呼：“你們倆夠早的啊。”
明日香在桌子上拄著下巴：“是你太晚了。”
“曉，你今天可真是帥氣啊。”渚薰微微一笑，還是那麼優(yōu)雅。
李曉坐下來，得意的嘿嘿笑道：“彼此彼此。”
三個(gè)人閒聊了兩句之後，真嗣也到了，一起到的還有碇司令、碇唯和麗，現(xiàn)在他們四個(gè)人儼然就是一家人了。李曉看見真嗣很開心的在和碇司令交談著什麼，這是以前不敢想象的畫面，看來他們父子倆終於和解了。麗的臉上也帶著高興的表情，她穿著一件黑色禮服，碇唯在旁邊挽著她的手，兩人一起走過來就好像真正的母女一樣。
他們一家四口來到李曉這邊，與李曉三人打過招呼後，碇司令和碇唯就離開了，真嗣和麗留了下來，畢竟大人有大人的世界，小孩子有小孩子的世界。
李曉、真嗣、明日香、麗、渚薰，五個(gè)人坐在一起閒著無聊就開始閒扯。又過了一段時(shí)間之後，禮堂裡忽然響起了婚禮進(jìn)行曲，五個(gè)人立馬不約而同的抻著脖子向禮堂的大門口看去，只見大門緩緩打開，一身西裝筆挺的加持挽著一身潔白婚紗的美里緩緩走了進(jìn)來，婚禮正式開始了。
婚禮進(jìn)行的很順利，李曉由衷的爲(wèi)美里和加持感到高興，他之所以又在EVA世界留了這麼久，其實(shí)就是在等最後這場婚禮，現(xiàn)在李曉終於沒有任何牽掛了。
吃飯的時(shí)候，話題不知道怎麼就聊到了未來的理想，而讓李曉有些意外的是，真嗣他們竟然都已經(jīng)考慮過未來要做什麼了。
明日香說：“我暫時(shí)不打算回德國了，我想要留在NERV，我的媽媽是科學(xué)家，我將來也想做一名科學(xué)家。”
麗：“我將來想要開一家花店。”
真嗣：“我有點(diǎn)想做老師。”
渚薰：“我打算先去上學(xué)，等畢業(yè)了留在NERV，既然我現(xiàn)在已經(jīng)是人類了，自然要體驗(yàn)人類的生活。”
四個(gè)人依次說完之後，四雙眼睛立刻齊刷刷的看向李曉，等待李曉發(fā)言。
感受到他們期待的目光，李曉的心裡頓時(shí)十分難過，因爲(wèi)他在EVA的世界沒有未來，他已經(jīng)完成了他“HAPPYEND”的目標(biāo)，這場婚禮是他在EVA世界的最後一天，他打算離開了。
雖然李曉心中清楚，這個(gè)世界中的一切都只是動(dòng)漫APP一系列計(jì)算產(chǎn)生的結(jié)果，但是現(xiàn)在，李曉坐在婚禮的現(xiàn)場，真嗣、明日香、麗、渚薰，他們坐在李曉的面前，李曉看見的不是一堆數(shù)據(jù)，而是一條條鮮活的生命，一張張溫暖的笑臉。
李曉無可奈何，他決定撒最後一個(gè)謊，他笑了笑，說：“未來那麼遙遠(yuǎn)的事情，我還沒想好呢。”
之後，加持和美里也來與李曉他們打了招呼，加持難得收起輕浮的氣質(zhì)，正經(jīng)了一回，美里則幸福的滿臉笑容。
婚禮結(jié)束後，李曉獨(dú)自一人回到他在NERV的房間，他躺在牀上，呆呆的看著頭頂上的白色天花板，沉默了好一會(huì)兒。離別總是傷感的，但是離別又避免不了。
這時(shí)候，佩琪似乎是察覺到了李曉的心思，她從手機(jī)裡冒出來，坐在李曉的胸口上，安慰道：“以後你還可以隨時(shí)進(jìn)入EVA世界嘛，存檔都在，又不是再也來不了了，傷感什麼？”
李曉長舒一口氣，頗爲(wèi)感慨的說：“我也知道，但是在這個(gè)世界經(jīng)歷了這麼多之後，總歸是有些不捨得。”
佩琪微微一皺眉，擔(dān)心的說：“我可提醒你，別忘了這個(gè)世界只是虛擬的，現(xiàn)實(shí)世界中，你現(xiàn)在還倒在牀上睡大覺呢。”
“我明白。”說著，李曉慢慢閉上雙眼。“佩琪，送我回去吧。”
晚安，EVA世界。