在NERV僅剩的最後一塊完好無損的停機坪上空，一架黑色的軍用直升機正在緩緩降落，巨大的螺旋槳在地面上捲起一陣陣強有力的氣流，李曉站在停機坪的邊緣，被氣流吹的有些睜不開雙眼。
從李曉往左看去，依次站著明日香、真嗣、美里和碇司令，今天他們來到這裡主要是爲了接一個人。
直升機安穩的落在停機坪上，艙門打開，一個留著小辮子、一臉輕浮笑容的男人從其中走了下來，看見這個人，美里和明日香的臉上忍不住露出笑容，這個人正是許久不見的加持良治。
李曉一行人立刻迎了上去，碇司令一馬當先的來到加持面前，他的臉上帶著微微意外的神色，對加持說:“沒想到你竟然還活著?！?
加持還是老樣子，笑了笑，視線看向站在後面的李曉:“多虧了吉人相助啊?！?
碇司令疑惑的微微一皺眉，他轉過頭，順著加持的視線看過去，視線也落在了李曉身上，驚愕的表情在他臉上一閃而過，心說:又是李曉！
李曉走上前，擡手打了個招呼:“加持先生，與政府那邊聯繫上了嗎？”
“多虧了當初在內務府工作時建立的一點小關係，總算是順利搭上這條線了。不過，之後的工作就得看碇司令的了?！奔映峙ゎ^看向碇司令，語氣輕鬆的說道。“如果司令斡旋失敗，恐怕我的腦袋也保不住了吧，這還真是一份費力不討好的工作啊。”
碇司令：“這裡不是說話的地方，跟我來吧?！?
然後，碇司令和美里帶著加持和另一位內務府特工離開了，李曉、明日香和真嗣沒有跟過去，李曉本來就是過來看看加持先生的，談判的事情李曉沒興趣參與。
碇司令與加持談了整整一天的時間，具體談了什麼李曉不得而知，也沒興趣知道，他只知道談判結束後，碇司令決定和加持一起去第二新東京市，當面向政府澄清NERV的清白，並且揭露SEELE的陰謀。
三天後，碇司令、冬月副司令和加持開始動身，臨行前，NERV的一干人等來到停機坪送別。
上飛機前，碇司令對美里說：“接下來NERV就交給你了，如果我和冬月無法回來的話，你就是NERV的下一任司令?！?
美里挺直腰桿，面色沉重的向碇司令敬了個軍禮，鏗鏘的回答道：“明白！”
李曉和真嗣站在美里身後，真嗣看著自己的父親，臉上帶著擔憂的神色，幾次張開嘴但卻欲言又止。儘管真嗣與碇源堂的父子關係不太好，但畢竟血濃於水，這種時候真嗣還是非常擔心自己父親的。
李曉見狀無奈的嘆了一聲，在後面悄悄地推了真嗣一把。真嗣被推著向前邁了兩步，來到了碇司令身前。
碇司令看向真嗣，感受到父親嚴厲的目光，真嗣立馬害怕的低下頭?？墒沁@一次，碇司令卻主動開口了。他對真嗣說：“真嗣，我不在的日子裡，你要保護好大家?！?
聽到父親的話，真嗣驚訝的猛地擡起頭，他從沒想到父親會對他說出這樣的話，人生中第一次，真嗣感覺自己終於得到了父親的認同。他的心中立刻燃起勇氣，用力的一點頭：“恩，我會的。還有……父親，你一路保重，我等你回來。”
碇司令最後深深地看了真嗣一眼：“再見?！?
然後，碇司令與冬月副司令登上直升機，直升機在螺旋槳的帶動下緩緩升起，向著遠方迅速飛去，漸漸消失在遠處的天際線上。
回去的路上，真嗣的臉上一直帶著難以掩飾的喜悅笑容，他忍不住對李曉說：“父親說讓我保護好大家，這是不是代表父親認同我了呢？”
李曉同樣爲真嗣感到高興：“我想應該就是這樣吧?！?
雖然碇司令不在，但是NERV的工作依舊沒有停下來，在美里的統籌運作下，NERV的重建工作進行的有條不紊。但是儘管如此，李曉還是可以清晰的感覺到，在忙碌的工作之外，整個NERV都籠罩在一片迷茫和擔憂的氣氛之下，人們心中都在擔心同一個問題“如果碇司令與政府談判失敗了怎麼辦？”即使是美里，李曉也有好幾次看見她露出茫然失措的表情，碇司令離開NERV後就音信全無，美里每天都在擔心政府會再一次突然打過來，她承受著巨大的壓力。
這樣提心吊膽的日子一共過了四天，到了第五天的早晨，碇司令終於回來了，而且他還帶回來一個天大的好消息——NERV終於澄清了自己的清白。
這條消息公佈後，整個NERV都鬆了一口氣，人們忍不住歡呼雀躍：“戰爭結束了！”
其實這也算是意料之中的結果，畢竟碇司令本身就是SEELE的一員，加持先生也曾長期爲SEELE工作，他們兩人的手上都掌握著SEELE大量的機密情報。
接下來的事情就不需要NERV再出什麼力了，雖然SEELE是一個甚至可以操控聯合國的無比龐大的秘密組織，但是企圖引發第三次衝擊便已經是全人類的公敵了，現在他們的陰謀已經敗露，等待他們的只有審判和死亡。
接下來的日子忽然變得平靜起來，NERV再次得到政府的支持，大量的資金涌入進來，重建工作進行的如火如荼，人們因爲不用擔心政府會再次打過來，所以開始全身心的投入到工作中，整個NERV都籠罩在一片積極向上的氛圍當中。
但其實在這片平靜的外表之下，整個世界卻是暗流涌動，世界上的主要強國都開始心照不宣的清除自己國內的SEELE勢力，失去了SEELE的支持，NERV也無法再次獨立於政府之外，中國、美國、德國、英國……各個國家的NERV分部紛紛被政府控制，世界的權力格局開始悄然的發生改變。
外面的事情李曉偶爾會聽美里講到幾句，不過其實他也不怎麼關心這些，這裡畢竟是動漫世界，世界格局變成什麼樣李曉都不在乎?，F在，李曉的“HAPPYEND補完計劃”已經算是圓滿成功了，EVA的主要人物一個不落的全部倖存下來，真嗣、明日香、美里、麗，不能說他們已經獲得了幸福，但是至少他們都還活著，未來擁有無限的可能，他們終究有一天會獲得幸福的。
雖然“劇本”已經結束，但是李曉還不打算就這麼急急忙忙的離開EVA世界，他希望可以爲自己這次“異界之旅”畫上一個完美的句號，有一些願望他還沒有了結。
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這一日，李曉正在收拾房間，房門外卻忽然傳來門鈴的聲音。李曉立馬停下手中的活計，來到房門前，嗤的一聲打開自動門後，看到站在外面的來客，李曉不禁微微吃了一驚：“碇司令！”
碇司令站在門外，他那張滄桑的臉上帶著隱隱的期待與激動的神色，直接開門見山的對李曉說：“李曉，人類補完計劃，是時候帶唯回來了?！?