京都，晌午。
烈日炎炎下，加持良治帶著一定黃色的草帽，慢悠悠的走在一條安靜的小街道上，在他前方的不遠處有一家小賣部，小賣部的門前放置著一張長椅，此時，一個農夫打扮的中年男人正坐在長椅上納涼。
加持走到小賣部，先是買了一根冰棒，然後坐到長椅上休息——就坐在“農夫”身旁。
“呀——天可真熱啊。”加持貌似漫不經心的冒出一句，撕開了冰棒的包裝袋。
“你遲到了。”“農夫”手裡拿著一把黃色扇子，悠哉悠哉的扇著風，眼睛盯著遠方不知名的某處。
“沒辦法，今日不同往日，要避開SEELE的眼線。”加持小聲說。
“農夫”從口袋裡掏出一個U盤，放在長椅子：“你要我調查的事情都在這裡。另外，我再附贈你一條，最近第一師團有大動作，貌似正在向第三新東京市的方向集結。”
加持的臉色變了變，收起U盤：“SEELE終於要動手了嗎？”
“農夫”：“這是你們的問題。”
加持一口吃掉剩下的冰棒，從口袋裡拿出一張銀行卡塞進了冰棒的包裝袋裡，放在長椅上：“多謝了，以後不用再聯絡了。”
“農夫”看了加持一眼：“你自己小心點吧。”說完，農夫拿起包裝袋揣進褲兜，站起來搖著扇子走掉了。
加持又在長椅上“休息”了一會兒，然後也離開了。
……………………
在一條通往外界的高速公路旁，美里一家四口外帶一隻企鵝正站在路邊，翹首企盼著公路的盡頭。這原本是一條繁忙的公路，在第三新東京市剛建立的時候，每天都有人拖家帶口的從這條公路來到第三新東京市定居，但是在幾周前爆發的“大逃亡”之後，這條路上就再也看不到一個人影了。
過了一會兒，在公路的盡頭隱隱約約的出現了一輛轎車，那轎車開的飛快，轉瞬即至，停在了美里四人的身前，然後車門打開，洞木光從車裡面走了下來。
“小光！”明日香見到好友，立刻親切的迎上去。
“明日香！”小光也十分開心。
美里懷裡抱著penpen，領著真嗣和李曉跟在明日香的後面走上前，一一與小光打過招呼後，美里把懷裡的penpen送到了小光面前：“抱歉，penpen要麻煩你照顧一段時間了。”
李曉把一個小手提箱拉到小光面前：“這是penpen的一些東西。”
小光接過penpen抱在懷裡，她看了看明日香，又看了看其他人：“你們……不一起走嗎？”
美里笑了笑：“我們還有工作。”然後，美里彎下腰，對penpen擺擺手。“penpen，再見了，在小光家裡要乖乖的，過一段時間我就去接你。”
penpen好像聽懂了美里的話，它張開嘴巴“嘎嘎”的叫了兩聲，扇了扇兩邊的翅膀，似乎是在跟美里告別。
小光本來還想和明日香多說兩句話，畢竟這次離別就不知道何年何月能再相見了，可是後面的轎車裡卻忽然傳來著急的催促聲：“小光，走了！”
李曉向車裡面看去，看到駕駛位上坐著一個與小光有七八分相像的中年男人，似乎是小光的父親。
“對不起，我得走了。”小光拉著明日香的手，戀戀不捨。“記得給我打電話，明日香。”
明日香微笑著點點頭：“你保重，小光。”
小光一手抱著penpen，一手拉著penpen的小行李箱，小跑著回到車子裡。然後從車窗裡面探出頭，對著大家猛擺手：“大家保重！再見！”
車子在李曉四人面前調轉車頭，順著來時的路絕塵而去，半空中還回蕩著小光的告別聲。
“走了啊……”明日香看著車子在視線中漸行漸遠，無力的放下了舉起的手，臉上露出傷心的表情。
“大家都走了……東治、劍介，不知道他們兩個現在怎麼樣？”真嗣站在明日香身旁，同樣滿臉的悲傷。
美里深深的嘆息一聲：“都走了好，走了才安全，這下penpen也送走了，終於沒有任何顧及了。”
……………………
最後的使徒已經被消滅，NERV存在的使命已經完成，但是人們卻沒有因此而感到多麼高興或是鼓舞，整個NERV籠罩在一片迷茫和壓抑的氣氛中，人們不知道未來該何去何從，還是關於NERV，無論是關於自己。
作戰大廳。
日向誠、青葉茂、伊吹瑪雅三個人湊在一起，一邊吃著零食、喝著咖啡，一邊無意義的閒聊著，工作上他們三人是好夥伴，生活中他們也是好朋友。
“那個少年……就是最後的使徒了吧。既然使徒已經沒有了，爲什麼NERV還要保持一級戰備啊？”伊吹瑪雅一臉疑惑的小聲問。
“誰知道呢？”青葉茂無所謂的聳了聳肩。“我更關心以後咱們怎麼辦？使徒都沒了，爲了消滅使徒而存在的NERV也會隨之解散吧。”
日向誠輕鬆的笑了笑，半開玩笑的說：“我還想在操作員的位置上再幹個三十年呢。”
青葉茂：“哎，誠，你沒聽過那句話嗎？幹了一輩子革命工作，也該歇歇啦。”
日向誠古怪的看著青葉茂：“你這怪話都跟誰學的？”
青葉茂撇撇嘴：“曉唄，還能是誰。”
“喂，我說你們兩個，竟然還有閒心開玩笑，難道你們就一點都不在意嗎？”伊吹瑪雅皺著眉頭，看看日向誠，又看看青葉茂。“禁止所有人員進出總部，維持一級戰備狀態，明明使徒都已經沒有了，碇司令究竟在害怕什麼？”
伊吹瑪雅說完，日向誠和青葉茂一起沉默下來。青葉茂神色淡然的喝了一口咖啡，無奈的說：“在意又能怎麼樣？現在我們也只能待在這裡等著了，除此之外我們還能做什麼？”
日向誠低頭看著自己的杯子裡面的黑色咖啡，面色沉重：“但願明天是個好日子。”
……………………
初號機艙室。
碇司令獨自一人站在橫橋上，仰頭注視著身前的初號機。
“唯，約定的日子就快要到了。”碇司令對初號機說。“抱歉，我們的計劃失敗了，但是沒有關係，在舊的火種破滅的同時，新的火種又出現了，那個少年，你已經見過他了，他擁有我們無法理解的強大力量，雖然還不清楚他的目的究竟是什麼，但是那些現在都已經不重要了，只要能夠再次見到你，即使向惡魔獻上心臟我也在所不惜……”
說到這裡，碇源堂沉默了一小下，最後說：“當一切結束之時，我會和那個少年一起來接你的。”
說完，碇源堂便轉身離開了。
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深夜，潔白的月光從窗戶照進屋子，如同一層寒冷的冰霜灑滿綾波麗冰冷的臉龐，她站在自己的小櫃子前，兩手捧起碇司令的眼鏡。然後，她的雙手忽然開始用力，眼鏡在巨大的力量下開始一點點扭曲變形，接著“啪”的一聲，鏡片上新增了一道裂紋。
“滴答……滴答……”
晶瑩的淚水滴在鏡片上和綾波麗自己的手上，每當麗手上的力道增加一分，她心裡的痛也便跟著增加一分，隨著手上的力道越來越大，就好像有一把無形的刀子，一刀一刀的割在麗的心上，淚水抑制不住的奪眶而出，模糊了麗的視野。
但是，麗沒有停手，越是痛苦，她手上的力道就越大，最後伴隨著一陣“咔嚓咔嚓”的破碎聲，眼鏡徹底被麗捏碎了，鏡框嚴重變形，碎掉的鏡片刺入麗白皙的手指，鮮血好似美麗的紅寶石，順著她的手指滴滴答答的落在冰冷的地面上。
最後的最後，淚水不見了，麗面無表情的看著手裡粉碎的眼鏡，毅然決然的說：“我不是你的玩偶。”