明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿襲漢唐舊制。後來隨著明太祖統(tǒng)治力量的逐步加強(qiáng)，才定出自己的一套新制度。據(jù)《明太祖實(shí)錄》卷239載，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕諭文武羣臣說：
自古三公論道，六卿分職。自秦始置丞相，不旋踵而亡。漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人專權(quán)亂政。我朝罷相，設(shè)五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下事務(wù)，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩(wěn)當(dāng)。以後嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請(qǐng)?jiān)O(shè)立者，文武羣臣即時(shí)劾奏，處以重刑。
這套制度既不是復(fù)古也不完全是創(chuàng)新。然而，經(jīng)過時(shí)間的演變，明中期的制度，與初期卻大有差別。
一、三公三孤
明代中樞政務(wù)機(jī)構(gòu)初期有三公（太師、太傅、太保）、三孤（少師、少傅、少保）。元代僅置三公，未有三孤。惠帝、成祖時(shí)，曾一度廢公、孤官，至仁宗時(shí)復(fù)置。《明會(huì)要amp;#8226；職官一》引《弇山集》說：
建文、永樂間，罷公、孤官，仁宗即位，授張輔太師、沐晟太傅、陳懋太保；蹇義進(jìn)少師、楊士奇進(jìn)少傅、夏原吉進(jìn)少保。於是公、孤立官備。
公、孤爲(wèi)皇帝之輔佐官，職位崇高。蹇義、夏原吉、楊士奇、楊榮四人在宣宗時(shí)猶受恩寵。《昭代典則》載明宣宗賜璽書說：
古者，師保之職，論道經(jīng)邦，不煩以政。少師義、少傅士奇、少保原吉、太子少傅榮，皆祖宗遺老，畀輔朕躬。今黃髮危齒，尚令典煩劇，兼有司之事，非所以優(yōu)之也。其輟所務(wù)，朝夕在朕左右，討論治理，共寧邦家。其勳階爵祿並如故。
自蹇義等以後，公、孤立官無專授，實(shí)際上是一種虛銜。中期以後，成爲(wèi)勳戚及文武大臣之加官、贈(zèng)官。而文臣無生加三公之例，惟死後贈(zèng)之。萬曆年間，張居正爲(wèi)太師，實(shí)掌朝政，這是特例。
明代初年，在中央設(shè)立中書省，有左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務(wù)。隨後，朱元璋又對(duì)中央統(tǒng)治機(jī)構(gòu)進(jìn)行了改革。當(dāng)時(shí)中書省大權(quán)掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他們作威作福，獨(dú)斷專橫，“生殺黜陟”，不向皇帝奏明就直接執(zhí)行。《明史amp;#8226；太祖紀(jì)》載，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾“命奏事毋關(guān)白（告知）中書省”。這顯然是裁抑中書省權(quán)力的一個(gè)措施。但胡惟庸等人卻不知收斂，反而變本加厲，組織黨羽，在外招集軍馬，並派人勾結(jié)倭寇，又向蒙古貴族殘餘勢(shì)力稱臣，請(qǐng)兵爲(wèi)外應(yīng)，陰謀武裝政變。洪武十三年（公元1380年），朱元璋殺掉了胡惟庸等人，並廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權(quán)力歸屬六部，相對(duì)提高六部職權(quán)和地位，由六部尚書直接對(duì)皇帝負(fù)責(zé)，《明太祖實(shí)錄》卷129載：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既誅，上諭文武百官曰：“朕自臨御以來，十有三年矣，中間圖任大臣，期於輔弼，以臻至治。故立中書省以總天下之文治，都督府以統(tǒng)天下之兵政，御史臺(tái)以振朝廷之紀(jì)綱。豈意奸臣竊持國(guó)柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸期之蔽，嘉言結(jié)於衆(zhòng)舌，朋比逞於羣邪，蠹害政治，謀危社稷……賴神發(fā)其奸，皆就殄滅。朕欲革去中書省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置“四輔官”，以協(xié)贊政事，均調(diào)四時(shí)。《通紀(jì)》載：
九月丙午，置四輔官，以耆儒王本、杜佑、襲斆爲(wèi)春官，杜斆、趙民望、吳源爲(wèi)夏官，秋、冬官缺，以本等攝之，位列都督之次。敕以協(xié)贊政事，均調(diào)四時(shí)。月分三旬，人各司之。以雨暘時(shí)若，驗(yàn)其稱職與否。
不久廢去四輔官，並於洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，設(shè)內(nèi)閣於殿廷，以大學(xué)士擔(dān)任顧問兼秘書的職務(wù)。《昭代典則》說：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大學(xué)士，以禮部尚書劉仲質(zhì)爲(wèi)華蓋殿大學(xué)士，檢討吳伯宗爲(wèi)武英殿大學(xué)士，翰林學(xué)士宋訥爲(wèi)文淵閣大學(xué)士，典籍吳沈爲(wèi)東閣大學(xué)士，使侍左右備顧問。又置文華殿大學(xué)士，召耆儒鮑恂、餘詮、張長(zhǎng)年等爲(wèi)之，以輔導(dǎo)太子。
本來，內(nèi)閣既非官署官，也非職官名。開始只是簡(jiǎn)任文臣入直文淵閣，參與機(jī)務(wù)。這些人原官的品秩低，不兼部務(wù)，也無官屬，不能直接指揮行政，與東漢的尚書、唐代的翰林學(xué)士性質(zhì)略同。久而久之，這些人逐漸升遷，並有了正式的辦事處所，大學(xué)士本身品秩只有五品，但其所遷任的官往往以至尚書、侍郎，或有加銜至於“三公”者。這樣，內(nèi)閣的地位才逐漸提高。明成祖以後，大學(xué)士開始參預(yù)機(jī)務(wù)。《詞林典故》說：
永樂初，命編修等官，於文淵閣參預(yù)機(jī)務(wù)，謂之內(nèi)閣，漸升大學(xué)士諸職。仁宗或加師、保及尚書、侍郎、卿，仍兼學(xué)士、大學(xué)士銜。自後因之，稱內(nèi)閣大學(xué)士。凡大學(xué)士加三師，則爲(wèi)一品；加尚書，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大學(xué)士者，則仍正五品。
仁宗以後，閣臣之權(quán)加重，至世宗嘉靖年間（公元1522—1566年），改華蓋殿爲(wèi)中極殿，謹(jǐn)身殿爲(wèi)建極殿，大學(xué)士的班次列在六部尚書之上。這時(shí)，內(nèi)閣就類似於唐代的中書門下省了。唐代中書門下省官員互稱閣老，明代大學(xué)士一般也稱閣老。內(nèi)閣大學(xué)士雖然表面位尊而權(quán)重，但是獨(dú)立發(fā)揮其權(quán)力的機(jī)會(huì)卻甚少，因其內(nèi)受制於宦官，外則用人之權(quán)集中於吏、兵兩部。《明史amp;#8226；職官志》說：
至世宗中葉，夏言、嚴(yán)嵩迭用事，遂赫然爲(wèi)真宰相，壓制六卿矣。然內(nèi)閣之?dāng)M票，不得不取決於內(nèi)監(jiān)之批紅，而相權(quán)轉(zhuǎn)歸之寺人。於是朝廷之紀(jì)綱，賢士大夫之進(jìn)退，悉顛倒於其手。
由此可見，若以明代的內(nèi)閣大學(xué)士具有宰相的權(quán)力，那是不恰當(dāng)?shù)摹?