在KM的故事結束十五六年後，邪神一族的陰影再次在世界上掀起了風波。出身於初代決鬥王·武藤遊戲所在的童實野町的少年高橋俊也通過朋友的渠道購得了一套限量發行的卡組“K”，卻因此而惹來了連串麻煩。想從俊也手中奪取這副珍稀卡組的決鬥好手接踵而至，?..因“K”之卡組而引起的風波平息後，新一屆的海馬杯決鬥大賽（簡稱KC大賽）終於在俊也等人的暑假中迎來了開幕式。作爲怪獸決鬥的熱衷者，俊也和神原等人理所當然的也參加了大賽。但是，在這場大賽的幕後，卻有著錯綜複雜的事情不斷髮生：